全身性真菌感染通常可以被有效控制，但不能完全根除。
虽然通过合适的抗真菌药物治疗可以减少真菌数量至较低水平，甚至达到临床治愈的标准，但是真菌仍存在于人体内，并且具有潜在的复发风险。因此，在特定条件下，如免疫抑制、长期使用广谱抗生素等情况下，可能会出现反复感染的情况。
对于免疫功能低下的患者，由于机体无法有效地抵御真菌入侵，可能导致病情难以彻底根治。
在诊断为全身性真菌感染后，应严格遵循医嘱接受系统性抗真菌治疗，并定期监测病情变化以及可能出现的副作用。同时，保持良好的个人卫生习惯也是预防真菌感染的重要措施之一。
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