氟尿嘧啶软膏外用通常不会出现明显的副作用，但长期大面积使用需警惕其潜在的不良反应。
氟尿嘧啶软膏主要用于治疗表皮层癌变，如基底细胞癌、原位鳞状上皮乳头瘤病及其它表皮层癌变。短期小面积使用时，药物浓度较低且作用时间短，一般不会对机体产生明显的影响。若患者存在肝脏疾病或肾脏疾病，则可能导致药物在体内的代谢与排泄减慢，从而增加不良反应的发生概率。
如果患者既往对氟尿嘧啶或其他烷化剂有过敏史，此时则禁止使用该药膏，否则可能会引起过敏性休克等严重后果。
本品应避免接触眼睛和其他黏膜，不宜用于皮肤破溃处。用药期间应注意观察可能出现的局部红肿、疼痛等症状，并及时向医生咨询。
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